L’Istituto autonomo “G. Caboto” nasce nell'anno scolastico 1979/80.
Nel 1988 l'Istituto ha aderito al "Progetto '92'', allora sperimentazione elaborata a livello ministeriale, divenuta poi ordinamento di tutti gli Istituti Professionali che ha rappresentato nell'intero panorama della scuola media superiore italiana la risposta finora forse più innovativa alla domanda di adeguare la formazione alle nuove esigenze della società e della crescente integrazione europea.
Il Progetto si proponeva di creare una figura professionale flessibile e capace di rispondere alle più diverse esigenze e richieste operative attraverso l'uso del computer, dei sistemi audiovisivi e di quelli multimediali.
Nel 1990 vengono attivati i corsi serali.
Nel 1994: l’IPC di S. Margherita Ligure diventa sede associata.

Nel 1999 l'Istituto ha aderito al "Progetto 2002" che nei primi due anni ha una connotazione fortemente orientativa, prevedendo la realizzazione di percorsi personalizzati con una attenzione maggiore alle dimensioni operative e pratiche. In particolare si attua:

• la struttura modulare delle materie di insegnamento;
• una maggiore integrazione con il territorio;
• la riduzione dell'orario settimanale da 40 a 34 ore (il minore carico viene compensato dalla migliore qualità didattica e da più razionali modelli organizzativi);
• la flessibilità oraria nei limiti consentiti dall'autonomia.

Dall'anno scolastico 2012/2013, in linea con la riforma dei professionali, il Caboto apre i due corsi dei Servizi Commerciali e dei Servizi Socio-Sanitari. La nuova proposta formativa mira a sviluppare una nuova idea di “cultura professionale”, che ha come strumento una visione “alta” delle finalità di un’educazione integrale in grado di contemperare intelligenza pratica e preparazione culturale per superare il luogo comune, storicamente prodotto, di rappresentare un’offerta prevalentemente destinata ad una particolare tipologia di utenza.
Dall'anno scolastico 2012/2013 il Caboto, accanto ai corsi professionali inserisce un percorso Tecnico Grafico e Comunicazione. L'offerta formativa si amplia, così, con competenze specifiche nel campo della comunicazione interpersonale e di massa, con particolare riferimento all'uso delle tecnologie per produrla, aprendosi al mondo della grafica, dell’editoria, della stampa e dei servizi ad esso collegati.
Dall'anno scolastico 2018/2019, il Caboto attua la riforma dei Nuovi Professionali, sia per i Servizi Commerciali che per i Servizi Socio-Sanitari.
L'attenzione al mercato del lavoro ed al territorio nel quale agisce, ha portato l'istituto a scegliere, tra i vari percorsi dei Servizi Commerciali, quello del Turismo Sostenibile e Accessibile, al quale intende aggiungere il percorso Web Community per l'anno scolastico 2019/2020.
estratto dal portale della scuola

Dall'anno scolastico 2022/2023 il Caboto darà origine ad un nuovo istituto fondendosi con l'In memoria dei morti per la patria