Il Liceo Sandro Pertini nasce nel 1995 dalla fusione tra due storici istituti magistrali genovesi: l'Istituto Magistrale Manzoni, ubicato nel quartiere di Albaro, divenuto sede, e l'Istituto Magistrale Lambruschini, ubicato nel quartiere di Castelletto, che attualmente ospita la succursale.
Il liceo Pertini è scuola capofila di rete per la Liguria della rete nazionale LES (licei economici sociali)